Поступающие в установку сточные воды проходят через электродный блок, состоящий из попарно чередующихся  анодов и катодов. Электроды подключаются к полюсам источника постоянного тока. При протекании электрического тока между электродами через обрабатываемую воду происходит растворение металла анода (алюминия). Катионы растворённого металла взаимодействуют с мелкодисперсными и коллоидными частицами, способствуя их укрупнению. Кроме того, происходит образование хлопьев гидроксида алюминия, которые адсорбируют ионы тяжёлых металлов и других загрязняющих веществ. 

Преимущества электрокоагуляции по сравнению с классическим введением коагулянта заключается в том, что

• Деэмульгирование коллоидных систем происходит в электрическом поле, благодаря чему ионы металла обладают более сильными коагулирующими свойствами• Гидроксид алюминия полученный электрохимическим путём обладает развитой пористой структурой с хорошими сорбционными свойствами, из-за чего одновременно действует механизм коагуляции и адсорбции 

Далее обрабатываемая вода поступает в отстойник-осветлитель, где под действием силы тяжести происходит осаждение основной части достаточно крупных скоагулированных частиц. Освобождённая от основной части взвешенных веществ вода поступает на осветлительный фильтр. В межзерновом пространстве загрузки задерживаются мелкие частицы гидроксидов, которые не могут быть удалены отстаиванием.

Для глубокой доочистки от остаточных концентраций растворённых и коллоидных веществ до норм сброса в водоёмы рыбохозяйственного значения используется сорбционный фильтр.